本发明公开了一种基于阵列背景噪声统计协方差估计的方位估计方法及系统，该方法包括以下步骤：获取实时的阵列接收数据；估计阵列的统计样本协方差矩阵；基于统计样本协方差矩阵，估计非均匀的阵列背景噪声；构造稀疏约束优化算法，求解目标方位。本发明通过对实时采集的阵列数据，动态实时估计出阵列的背景噪声，然后在声纳进行方位估计前，减去所估计的各个传感器非均匀噪声，以提高声纳方位估计精度，获取的目标方位误差小、精度高，更贴近于真实值，大大增加了声呐探测的准确性，并且本发明的方法可用于多种不同的阵列，适用性更强。