本发明涉及一种结核分枝杆菌显微扫描仪，系统包括前处理装置和自动扫描装置，前处理装置包括玻片盒和玻片传递装置，玻片盒中上下排列设置有多个玻片架，玻片架上安装有玻片，玻片传递装置用于将玻片架推送至自动扫描装置内和将自动扫描装置内的玻片架回收至玻片盒中，自动扫描装置设在前处理装置一侧，自动扫描装置包括显微镜模块和玻片自动定位模块，显微镜模块设在玻片自动定位模块上方，玻片自动定位模块用于接收从前处理机构传递的玻片架和向所述前处理机构输出完成扫描的玻片架，显微镜模块用于扫描经玻片自动定位模块调整好位置的玻片架上的玻片。本发明能够实现玻片自动送料、自动扫描和自动回收，提高了扫描效率。