本发明涉及一种无人艇控制系统及路径跟踪方法，该系统包括艇载控制系统和岸基控制平台，艇载控制系统主要由控制模块、推进系统、数据采集系统、无线通讯模块和电源模块组成。该方法包括：接收到岸基控制平台下传的路径信息后，结合采集到的无人艇当前状态信息，计算期望航向和期望航速；通过模糊航向控制器对航向误差和误差的变化率进行模糊化处理，然后根据模糊规则确定模糊航向控制器的Kp、Ki和Kd系数；通过不确定性扰动估计器对航行过程中受到的扰动进行补偿；控制模块根据航向角和实际艇艏向角实时调控推进系统的两个推进器之间的转速差，从而控制无人艇沿期望航向均匀跟踪期望路径。该系统及方法有利于提高无人艇路径跟踪的准确性。