本发明公开了一种药物互作用预测模型的构建方法、预测方法及装置，包括收集整理药物、内源蛋白质的分子线性表示及这些分子间的互作用，所述药物包括化学药和生物药；使用所述分子线性表示及这些分子间的互作用，构造外层互作用图连接性增强、内层分子结构图数据量扩充的双视角异构图；搭建以双视角异构图为输入的药物互作用预测模型，所述模型包括双视角异构图表征模块和双视角融合预测模块，所述双视角异构图表征模块基于图神经网络学习各视角下药物和内源蛋白质的表征，随后所述双视角融合预测模块结合双视角给出预测；训练所搭建的模型并调整其超参数，得到面向化学药和生物药的多类型药物互作用预测模型。