本公开涉及一种水光互补发电系统的频率控制方法和装置，通过确定水光互补发电系统的待工作时间区间，其中起始时刻表征系统开始工作的时刻。确定待工作时间区间中至少一个时长为预设时长的预测区间，预测区间中包括离散时间点。根据预设时长、预设的预测误差初值、离散时间步长和误差确定函数确定每个预测区间对应的预测误差，误差确定函数基于伊藤过程和任意多项式混沌的方式建模得到。根据预测区间的预测误差生成用于在待工作时间区间内调节系统频率的调节方案。本公开通过数学建模的方式准确确定预测误差，降低光伏出力在不同预测区间之间衔接不良和扩散的可能性，通过预测误差对整个系统频率进行调节，提高了系统频率的稳定性。