本发明公开了一种基于多次键合工艺的薄膜体声波谐振器的制备方法，包括采用第一次晶圆键合方法制备第一压电薄膜结构，去除第一衬底，并在压电薄膜层表面沉积第二电极，在第二电极表面沉积牺牲层得到第二压电薄膜结构；对第二压电薄膜结构采用第二次晶圆键合方法得到第三压电薄膜结构；减薄第二衬底，在减薄的第二衬底上开窗口至保护层表面得到第一窗口，通过第二窗口在第一电极上沉积金属pad层，通过第三窗口在第二电极上沉积金属pad层，将腐蚀液加入第四窗口腐蚀牺牲层形成空腔，得到最终薄膜体声波谐振器。该方法能够避免制备过程中压电薄膜的崩裂，提升产品良率以及性能。