本发明公开了一种微波衍生‑拟靶标气相色谱‑质谱分析土壤中代谢物的方法，包括：1）将内标物质与提取溶剂加入到土壤样品中，涡旋提取并离心过滤得提取溶液；2）在低温条件下离心浓缩得冻干提取物；3）加入转移溶剂，转移上层清液于色谱瓶中，常温条件下氮气流下干燥，再加二氯甲烷干燥得完全干燥的土壤提取物；4）加入衍生化试剂后在微波加热反应条件下进行肟化和硅烷衍生化，得土壤代谢物衍生化产物；5）加入正十二烷吡啶溶液，混匀后取上层清液于微量色谱瓶中，采用拟靶标气相色谱‑质谱的方式进行分离、定性与定量。本发明建立的土壤代谢组分析方法可以较全面、综合地体现土壤代谢产物的差异情况，能广泛的应用于环境及土壤科学研究。