本发明公开了基于页岩孔隙性质及结构特征的表观渗透率预测方法及系统，预测方法包括如下过程：针对页岩储层孔隙截面几何形态多样性进行归一化校正，得到孔隙等效直径；基于孔隙性质的差异，利用孔隙等效直径对页岩中有机孔隙和无机孔隙孔径演化进行差异化定量表征，得到有机孔隙、无机孔隙实时等效半径；针对页岩多尺度孔隙结构特征采用分形理论进行传输模型粗化，利用有机孔隙、无机孔隙实时等效半径，建立有机、无机毛管束表观渗透率模型；通过有机质含量占比对已建立的有机、无机毛管束表观渗透率模型进行加权得到页岩综合表观渗透率预测模型。本发明能够提高现有理论计算方法的精度，降低气藏产能预测的不确定性。