本发明公开了一种强构造活动区岩石微观结构信息解译及三维建模方法，包括采集岩样制作不同方向正交薄片，在偏光显微镜下提取并统计微观结构在平面方向上的方位角和长度，依据统计的角度将微观结构划分优势组，计算出微观结构的空间优势产状，并统计分析各优势组微观结构长度的概率密度分布模型以及体积密度，从而构建反映岩石微观结构的三维模型。本发明利用强构造活动区岩石偏光显微薄片中二维微观结构图像解译其三维产状信息，进而构建三维模型表征微观结构空间分布状态，对分析岩体内宏观结构与微观结构关联性、强构造活动区的成岩机理及环境地质灾害评估等提供了有效的参考。