本发明公开了年水位落差大环境下钢箱梁斜拉桥施工系统及施工方法，包括：搁梁支撑框架；搁梁轨道；垫架；存梁平台，存梁平台沿所述桥轴线设置于主塔一侧，且存梁平台架设于主塔与河岸侧交界墩之间，所述存梁平台用于对钢箱梁进行存梁运输与移运。本发明通过在主塔的两侧直接搭接搁梁支撑框架，在搁梁支架上的搁梁轨道上进行组装垫架和变幅式吊机，通过组装后的变幅式吊机完成架梁、存梁工作，从而不需要外架设大型辅助吊取设备，直接减免大型辅助吊取设备在桥梁架设过程中的参与，避免了大型辅助吊取设备占用过多的航道，同时很大程度上的节俭了施工成本。也即解决现有技术中存在前期对钢箱梁的存放和安装需要大型辅助吊取设备的缺点。