本发明提出一种用于变电站恶意代码检测的跨网络通信系统，包括主站和若干变电站，所述主站设有恶意代码平台，所述变电站设有恶意代码终端和恶意代码代理平台，所述恶意代码平台与若干恶意代码代理平台之间使用SSL协议建立安全通信链接，并使用加密算法对恶意代码平台与若干恶意代码代理平台之间交互的数据进行加密，所述恶意代码代理平台与恶意代码终端通过交换机实现网络互通。本发明通过中间代理平台连通主站和各个变电站，各个变电站的信息融合与主站，由主站统一对各个变电站进行恶意代码检测以及防恶意代码安装升级，升级效率高，具有实时性，有效防护各变电站。