本发明公开了一种集装箱船用通风控制方法及集装箱船用通风系统。该集装箱船用通风控制方法包括：判断船舱是否承载有冷藏集装箱；若船舱承载有冷藏集装箱，则记录船舱上对应于冷藏集装箱的电力分电箱的初始功率值，为第一功率值；第一设定持续时长后获取电力分电箱的实时功率值，为第二功率值；依据第一功率值、第二功率值和冷藏集装箱的放置位置调节船舱内的风机的风量。减少了集装箱船用通风系统的能量消耗，避免了由于温度传感器失效导致的无法及时依据船舱内的温度调节风机的风量，避免了温度传感器监测到船舱内的实时温度不准确的现象，提高了集装箱船用通风系统的可靠性和安全性。