本发明提供一种具有两相海岛结构的环氧树脂组合物、复合材料及其制备方法。具有两相海岛结构的环氧树脂组合物，包括以下质量份数的组分：双酚型缩水甘油醚类环氧树脂50‑120份、低粘度脂肪族缩水甘油醚环氧树脂5‑30份、酸酐固化剂50‑120份、聚醚增韧剂5‑30份、促进剂0‑5份。该环氧树脂组合物及环氧树脂基复合材料具有典型的两相海岛结构，增韧效果明显，所制备的复合材料冲击韧性大幅提高，弯曲强度和弯曲模量得到改善，形成两相海岛结构对环氧树脂进行增韧后，增韧剂对材料拉伸强度和拉伸模量影响更小，对玻璃化温度几乎没有影响。