本发明属于岩土工程领域，提供了一种考虑地下结构阻隔作用的抗浮设防水位取值系统及方法，包括获取拟建地下结构场地的提前预设好的任意两个勘察孔的水位高度、两勘察孔之间的距离以及地下水流向参数；基于任意两个勘察孔的水位高度以及两勘察孔之间的距离，利用地下水流向与地下结构走向的法线方向的夹角，确定水力坡度；基于水力坡度，结合含水层影响半径，确定受地下结构阻隔作用的地下水位壅高；根据地下水位壅高以及基于历史长期观测水位及降雨量资料得到的抗浮水位建议值，确定考虑地下结构阻隔作用的地下水抗浮设防水位建议值。