本发明提供了一种预测复杂地质条件突水压架事故的方法及系统，包括如下步骤：构造突水压架事故判断指标,基于突水压架事故判断指标，获得突水压架事故判断指标的影响因素；基于影响因素，建立突水压架事故判断指标的判别式；采集现场突水压架数据，基于现场突水压架数据，建立多源参量数据库；将多源参量数据库中的多源参量代入判别式中进行计算，并对计算结果进行聚类分析，获得突水压架事故判断指标阈值；将突水压架事故判断指标代入判别式中进行计算，并将计算结果与突水压架事故判断指标阈值进行比较，判别现场有无突水压架风险。本发明能够准确预测工作面发生突水压架事故，减轻突水压架事故造成的经济和人员损失，实现煤矿的安全高效开采。