本发明公开的一种地下水环境监测井的损伤监测与评估方法及系统，包括：获取地下水环境监测井的基本状况信息及井管内的水位信息，根据水位信息及监测数据判断井管内水质信息；通过井管的超声导波数据分析监测井的受损状况及联通性；获取目标区域内污染源及地下水环境监测井的分布状况，根据当前监测井与污染源的空间位置关系判断监测井能效能否满足目标区域水环境污染监测；根据监测井的基本状况信息及损伤状况结合监测能效进行监测井评估；构建地下水环境监测井信息数据库，定期进行监测井的评估，根据监测井的评估进行监测井的维护与管理。本发明通过对监测井进行损伤监测，结合基本状况及分布特征进行评估，确保地下水环境监测井长期高效运作。