本发明公开的一种柔性件的多目标智能分拣方法、系统及存储介质，包括：获取料框中多个镍片分布的RGB图像和深度图像，将RGB图像输入到训练好的实例分割模型，经实例分割模型后输出目标镍片的掩膜图像；将输出的目标掩膜图像与深度图像对齐处理后分割深度图中的目标镍片，并通过相机标定参数生成目标镍片点云；将目标镍片点云与模型镍片点云进行配准获取目标镍片在料框中的空间位姿信息，将目标镍片在料框中的空间位姿信息发送给控制器引导机械手到指定位置吸取镍片；吸取镍片后机械手移动到工业相机处进行变形检测和二次精定位，根据变形检测和二次精定位结果完成分拣及装配过程。本发明提高了镍片分拣的效率和准确率，进一步保证了锂电池成品质量。