本申请公开一种控制航空器自主降落至舰船的方法、系统、存储介质及计算设备，方法包括：在航空器响应着舰指令后，控制航空器的飞行状态由盘旋等待模式切换为下滑飞行模式；在下滑飞行过程中，根据获取的航空器实时运动数据和舰船实时运动数据，判断航空器是否进入舰船上预设降落区域对应的降落空域；判断为是，控制航空器的飞行状态由下滑飞行模式切换为降落模式；在降落过程中，以第一采样参数获取航空器实时运动数据和舰船实时运动数据，通过自适应算法实时计算航空器与舰船的相对位姿信息，据此产生调整航空器飞行状态的导航指令，引导航空器降落至舰船的预设降落区域。本申请解决现有技术中航空器着舰导航安全性低、效果差的技术问题。