本发明提供能够在具备多个燃料电池堆的燃料电池系统中抑制多个燃料电池堆的温度的偏差的燃料电池系统的运转方法。一种燃料电池系统的运转方法，其中，所述燃料电池系统具有多个燃料电池堆，且具备第一冷媒通路、第二冷媒通路、第一温度取得部、第二温度取得部、第一冷媒循环路、第一冷媒压送部、第一热交换器以及第一流量调整阀，在多个燃料电池堆停止后，驱动第一冷媒压送部，直到规定的条件成立为止，并且第一流量调整阀基于由第一温度取得部以及第二温度取得部取得的分别在第一冷媒通路以及第二冷媒通路流通的冷媒的温度，来调整向第一冷媒通路流通的冷媒的流量和向第二冷媒通路流通的冷媒的流量。