本发明提供一种微生物金属复合载体、其制备方法和应用，本发明的复合载体制备包括以下步骤：将微生物菌粉、偏铝酸钠粉、乳酸亚铁粉加入糖衣机中喷洒无水乙醇溶液制备球形颗粒作载体内核，再加入水泥，喷洒去离子水，在载体内核表层包覆一层水泥作为外壳，置于标准条件下养护，最后将养护后的载体置于环氧树脂中，载体表面包覆一层环氧树脂膜层，本发明制备的载体取代部分沙子用于水泥基材料裂缝修复，本发明制备的载体降低了水泥基材料裂缝的pH值，提高了微生物矿化修复水泥基材料的能力。