本发明公开了一种用于机场飞行区下穿隧道不停航施工勘察方法，包括以下步骤；先根据勘察隧道设计线路平纵断面方案、先期勘察资料及衬砌管片设计方案进行外径D为4m～6m的勘察隧道的施工，同时确定勘察隧道钻探孔布置和钻孔搭设角度，之后由根据勘察方案编制的勘察隧道内勘察钻探实施方案在勘察隧道洞内进行下穿隧道的勘察钻探作业，然后根据实际勘察钻探作业实施情况、原位测试和室内试验数据来编制形成正式勘察报告，在勘察隧道洞内进行勘察钻探作业实现了机场飞行区不停航施工，有效地增加了勘察作业时长，避免出现地面钻孔作业对道面区造成损坏以及道面区修复及跑道复飞检测等情况，同时减少了人员进出飞行区的管理工作。