本申请提供了一种燃料电池发动机的控制方法以及其控制装置，该方法包括：首先，在接收到控制流体管路进行除气的除气指令的情况下，获取燃料电池发动机的流体管路对应的泵组的最小转速以及最大转速；然后，根据最小转速以及最大转速，确定位于最小转速和最大转速之间的多个预定转速，最小转速、多个预定转速以及最大转速构成转速集；最后，控制泵组按照预定顺序依次以转速集中的转速运行，以去除流体管路中的气体。通过控制泵组按照预定顺序依次以转速集中的转速运行，自动完成除气工作，避免了现有技术中燃料电池发动机冷却回路中的除气工作需要人工控制导致除气质量无法控制的问题，保证了燃料电池发动机的便捷性较高以及除气质量较好。