本发明公开的动压轴承等角螺旋槽飞秒激光自动对焦加工方法及系统，属于微纳加工技术领域。本发明包括时域整形模块、空域整形模块、频域整形模块、激光直写模块、五轴联动平台模块、同轴观测模块、运动控制模块、自动对焦模块。本发明测量待加工动压轴承尺寸；对待加工动压轴承进行三维建模；确定与待测材料作用效果最佳的激光波长；利用外延法测量待测材料的烧蚀阈值；分析获取最优加工效果对应的激光参数；利用FPGA芯片、自动对焦算法和相应的软硬件程序，完成三维曲面的自动对焦和三维轨迹重建；利用获取的激光参数，设计并搭建光学加工系统；加保护气体，使用高精度五轴运动平台、优化得到的激光参数、光学系统和更新的代码，飞秒激光自动对焦加工动压轴承等角螺旋槽，提高在动压轴承上加工等角螺旋槽的精度，且提高加工一致性和成品率。