本发明公开了一种基于PET/CT的心肌代谢评估系统，对患者进行11C‑Acetate PET/CT心肌代谢显像，获得患者胸部PET和CT图像；对图像进行预处理，包括PET图像和CT图像的配准、图像采样和SUV变换；利用深度学习对CT图像进行心包分割，得到心包感兴趣区，利用阈值法，得到心包脂肪ROI；利用阈值法对PET图像进行心肌分割，得到心肌ROI；根据空间位置信息，自动定位左心室主轴，根据17节段法对左心室心肌进行分段；利用上述ROI，对PET和CT的图像结果进行测量和分析，包括CT钙化分数、CT心包脂肪统计参数、PET心包脂肪代谢、PET心肌统计参数、PET心肌17段统计参数以及PET代谢靶心图；充分利用CT图像解剖结构清晰，PET心肌代谢信号高的特点，能快速、简单的分割出心包和心肌。