本发明公开了一种功能性秸秆发酵饲料的制备方法，配制食用菌种子培养基，并对种子培养基进行灭菌处理；挖取食用菌菌块接入种子培养基中，于摇床上培养2～6天；配制食用菌秸秆液体发酵培养基，并对秸秆液体发酵培养基进行灭菌处理；将培养得到的食用菌种子液，加入到秸秆液体发酵培养基中，于摇床上培养2～6天；将得到的发酵液用筛网分级过滤，收集菌体固渣，控水后以5～25wt.％的添加量加入常规的动物饲料中，即得。本发明秸秆发酵饲料制备方法发酵效率高，可行性强，机械化程度高，可以规模化生产。与传统的固态发酵秸秆饲料相比，粗蛋白、必需氨基酸、食用菌多糖的含量都有明显的提升，具有较高的营养价值。