本申请实施例提供一种三维分子结构生成方法、装置、设备及存储介质，至少应用于人工智能领域和药物合成领域，其中，方法包括：获取当前时间步下的原子类型噪音和原子坐标噪音；基于所述原子类型噪音构建全连接邻接矩阵；对所述原子类型噪音、所述原子坐标噪音和所述全连接邻接矩阵进行三维等变处理，得到所述当前时间步下的分子结构分布平均值；基于所述当前时间步下的分子结构分布平均值，对所述分子的分子结构进行迭代生成，得到所述分子的分子表示；通过所述分子表示构建所述三维分子结构。通过本申请，能够加速三维分子结构生成的效率并避免了累计错误，从而准确的生成有效分子的三维分子结构。