本发明公开一种具有CIP、SIP功能的抗血清制剂灌装系统，涉及灌装设备技术领域，包括底座，底座上固定连接有箱体，箱体的一端可拆卸设置有箱盖，箱盖上设置有真空处理器；箱体内部旋转设置有固定部件，用于放置瓶体；固定部件上还滑动设置有灭菌组件，灭菌组件包括通气外壳，通气外壳为中空结构，通气外壳内壁布置有数量与安装筒上固定孔相等的气孔，气孔用于喷射蒸汽，通气外壳上还布置有通气孔；底座上设置有封口部件和灌装部件，灌装部件用于灌输药物，封口部件用于封装瓶体；本发明具备CIP、SIP功能，能实现对瓶体的在线灭菌处理，能进行大批量瓶体的灌装以及封口作业。