本发明公开了一种电能质量扰动识别方法及系统、电子设备、存储介质，该方法采用改进S变换对电能质量扰动信号进行特征提取，改进S变换可以根据信号的低频部分和高频部分来灵活调整高斯窗函数的宽度，从而在低频部分获得更好的时域分辨率，在高频部分获得更好的频域分辨率，大大提高了低频扰动特征和高频扰动特征的提取准确度。通过在生成时频域等高线图时对绘制参数进行优化，调整等高线图的地貌阶梯分布，能够在减少图像信息损失和保证模型分类性能的前提下显著削减高斯噪声的干扰。最后，将时频域等高线图输入至训练好的分类器中进行电能质量扰动分类识别，大大提升了电能质量扰动识别的准确度。