本发明公开了一种脱硫废水生物软化及单质硫回收的系统及方法，前置反应澄清器的出水口和污泥厌氧发酵装置的出水口汇集与厌氧生物反应器底部侧面的进水口相连通，所述厌氧生物反应器内自下到上依次设置有布水系统及三相分离器，其中，布水系统与所述进水口相连通，三相分离器的出水口与硫化物微氧化装置的入口相连通，硫化物微氧化装置的出水口与深度处理系统相连通。还包括三相分离器的出水口与前置反应澄清器的上部相连通，硫化物微氧化装置的上部排气口与前置反应澄清器的液面下部相连通，厌氧生物反应器侧面的排泥管与厌氧发酵装置上部相连通，该系统及方法能够实现脱硫废水的软化、重金属去除及单质硫的回收。