本发明公开一种风电机组变工况最优有功功率控制方法及系统，该方法包括以下步骤：设计多目标优化函数，获得风电机组最优功率点跟踪的多目标优化模型，利用无模型自适应预测控制，结合多目标优化函数，构建全风速下变工况最优功率控制算法，将最优控制变量值输送给风电机组；进行风速预测，实施前馈控制，结合优化结果实现在变工况条件下风电机组功率的最优控制。本发明通过设计不显含受控对象任何模型信息的数据驱动控制律，得到仅利用对象在线I/O数据的MFAPC算法，可保证全风速范围内输出功率和控制变化量的多目标滚动优化目标，实现在功率平稳变化的同时减少桨距角的载荷不均的目标，能够应用于变速变桨系统风力发电机组的控制系统中。