本发明公开了一种多频GNSS分步全概率整数模糊度解算方法，首先建立多频GNSS非组合几何相关函数模型，在观测值方程的参数域对基础模糊度进行重参化，得到超宽巷、宽巷和窄巷模糊度参数形式；然后基于各级模糊度的浮点解，以高置信度为阈值条件进行模糊度候选值选取，将全概率的无穷候选值问题约化为有限计算问题，从而得到基于有限个整数候选向量的全概率整数解；再基于加权平均准则，计算得到模糊度全概率整数解方差，对各级模糊度解算的精度评价；最后，依据条件方差公式对下一级的模糊度进行约束，实现各级模糊度的解算。本方法将常规的逐级整数固定模式转变为逐级全概率解算模式，在规避模糊度错误固定风险的同时，能够有效提高定位利用效率。