一种疾病编码的自动编目方法及系统，包括：构建训练数据及构建模型；将医疗文本输入医疗文本特征提取模块，提取医疗文本特征；基于疾病编码信息生成无向加权图，通过疾病编码特征提取模块运算，得到疾病编码特征；将医疗文本特征及疾病编码特征输入基于标签注意力机制的特征融合模块，得到疾病编码的最终预测特征及疾病编码被分配的概率值；利用损失函数评估模型的预测误差，基于反向传播进行所述模型参数调优；在应用阶段，将患者的医疗文本输入训练好的模型，将得到的各疾病编码被分配的预测概率值与预设的疾病编码判定阈值对比，将符合所述判定阈值的所有疾病编码作为所述患者的疾病编码输出。本申请实现疾病编码的自动编目，且提高准确性。