本发明公开了一种风电机组最大功率点跟踪控制方法及系统，按照高速轴转速计算稳态最优转矩值；利用无迹卡尔曼滤波器对风轮气动转矩进行无偏估计，得到气动转矩估计值；基于气动转矩估计值与风轮功率系数和转矩系数，结合气动转矩与风速的物理关系建立非线性方程，利用牛顿拉夫逊方法迭代求解获取实时风速估计值，实时更新计算前Tp分钟内的风速标准差；将稳态最优转矩、转矩误差前馈补偿量和转矩补偿量相加，获得合电磁转矩设定值；依据发电机额定转矩值及变流器属性对合电磁转矩设定值的变化范围及变化速率进行限制，由变流器实现合转矩控制。本发明提高风电机组面向低风速、高湍流工况下的风能捕获量。