一种用于微电网的氢能发电系统并网控制方法，氢能发电系统中的燃料电池输出端通过超级电容器与初级直流变换器相连，再分别通过次级直流变换器、逆变器构成直流并网单元和交流并网单元实现氢能发电的直流并网和交流并网运行。通过采集氢能发电系统的交流并网端口、直流并网端口、内部直流母线等关键点处的电气量以及断路器位置、氢气流量、阀门开度等非电气量，并结合上级调度指令，动态控制并网单元的运行模式和功率输出值，并进一步控制超级电容器的充放电状态和燃料电池的输入。本发明能够保障氢能源发电系统的实时、稳定、准确的功率或电压输出。