本发明涉及医疗系统技术领域，具体涉及一种单病种临床路径管理系统，包括临床路径数据库、录入诊断模块、判断模块和药物监测模块，临床路径数据库存放单病种标准治疗路径、医院对于各单病种的治疗规范和治疗过程中各阶段的风险药物；录入诊断模块通过医师输入单病种的标准编码后开具待定医嘱；判断模块判断医师开具的待定医嘱是否符合医院对患者所患单病种的治疗规范，待定医嘱不符合单病种的治疗规范，则医嘱无法开具，返回录入诊断模块再次开具待定医嘱，待定医嘱符合治疗规范，则待定医嘱转为正常医嘱供患者使用；所述药物监测模块对患者在各阶段药品的选择和用法进行提示，用药过程中出现用药异常则显示质控阳性发送给医师。