本发明公开了一种燃料电池质子交换膜氢气渗透率检测系统及方法，包括密封检测装置、外接电源、惰性气供应装置和氢气供应装置，密封检测装置内部设置有检测腔，检测腔通过间隔设置的膜电极和被检测质子交换膜分隔为三个区域，三个区域均连接有排空阀，三个区域分别为与被检测质子交换膜紧贴的氢气流通区域、位于膜电极和被检测质子交换膜之间的氢气渗透区域、与膜电极紧贴的排空区域；膜电极两侧分别与外接电源的负极和正极相接，外接电源与膜电极组成的电路回路中设有电流计；惰性气供应装置同时与三个区域相连；氢气供应装置与氢气流通区域相连。使得质子交换膜氢气渗透率的检测手段变得更加简便快捷。