本申请提供一种软件定义卫星网络通信方法、系统及存储介质。软件定义卫星网络通信方法包括：链路质量检测机制，基于各链路的重传信令情况确定各通信路径的链路质量；所述通信路径为数据从起始卫星节点传输至目标卫星节点的路径；所述重传信令为软件定义卫星网络中进行数据重传时所使用的控制信令；基于链路质量从各所述通信路径中确定进行数据传输的目标通信路径，以使软件定义卫星网络中各卫星基于目标通信路径进行通信。通过链路质量检测机制可以确定各通信路径的链路质量，从而可以根据链路质量选择数据传输的目标通信路径，由此，提高软件定义卫星网络中各卫星之间的数据传输质量，从而提高软件定义卫星网络中各卫星传输数据的准确性与效率。