本发明公开了一种含氟烷基酮酸烷基酯的制备方法，包括以下步骤：在有机溶剂中，氯甲酸烷基酯与正丁基锂溶液进行反应，得到中间体烷氧基甲酰锂；中间体烷氧基甲酰锂与含氟烷基乙酰卤化合物进行反应，得到含氟烷基酮酸烷基酯。本发明方法具有原料易获得、反应选择性高、产品纯度高和产物收率高的优点，可适用于低成本合成多种含氟烷基酮酸烷基酯，而且，整个生产工艺简单，反应步骤短，便于生产控制和减少副产物的产生，经济效益好。本发明有望为含氟烷基酮酸烷基酯的工业化生产提供一种更为简单高效的途径。