本发明公开了一种人口流动跟踪监测识别方法及其系统，属于人口流动监控技术领域。包括以下步骤：接收并判断人员的持卡信息：若持卡信息显示为授权的持卡信息，则给予人员第一门禁权限，使获取第一门禁权限的人员进入识别区；获取识别区中的人员信息；判断所述人员信息是否符合第一判断标准：若符合，则给予第二门禁权限；反之，则发出警示指令。本发明经过第一判断标准的判断，判别进入小区的人员危险性比较低，则不需要对其进行信息采集；再经过第二判断标准的判断，对进去小区的人员进行信息采集，以及记录进入小区的时间点，以便对其进行流动跟踪检测，当有查询需求时，可调出相关信息集进行查询追踪。