本发明公开了一种玉米淀粉‑绿原酸复合物的制备方法及作为新型益生元的应用，所述方法包括以下步骤：S1、将玉米淀粉与绿原酸充分混合，调节水分含量为30‑40％(w/w)，并放置24‑36h平衡水分；S2、将平衡好的玉米淀粉进行螺杆挤压：挤压过程进行五区加热，并挤压成型，形成一些具有特征结构的淀粉‑多酚V型结构，将其冻干并粉碎，获得玉米淀粉‑绿原酸复合物。S3、将所得到的玉米淀粉‑绿原酸复合物进行2h‑3h的体外模拟胃肠消化实验，获得玉米淀粉‑绿原酸复合物的残余物；S4、所得到的残余物进行12‑48h的体外结肠厌氧酵解。本发明制得的玉米淀粉‑绿原酸复合物作为益生元供肠道微生物酵解，促进益生菌的增殖，抑制有害菌的增殖，可有效的促进机体健康。