本发明公开了一种耦合燃料电池的太阳能跨季节储热联供系统及运行方法，包括太阳能集热循环回路、吸收式热泵供热回路和燃料电池放热回路。所述太阳能集热循环回路由平板型集热器、循环水泵和储热水体组成；所述吸收式热泵供热回路由发生器、吸收器、溶液换热器、冷凝器和蒸发器等组成；所述燃料电池放热回路由质子交换膜燃料电池、储热罐组成；所述储热罐将太阳能集热循环回路与吸收式热泵供热回路耦合在一起。本发明引入跨季节储热技术，有效解决了太阳能在时、空间上的供需不匹配问题，实现了太阳能“夏热冬用”和系统“零碳供热”的双重效果，显著提高太阳能利用率。本发明耦合燃料电池增强了系统的运行稳定性，并达到热、电联供的目的。