本公开提供了一种工程文件的可信检测系统、方法、设备以及存储介质，该系统包括：上位机端，用于将加密密码模块加密的带有真实签名数据的加密工程文件通过统一协议通信接口下发到PLC端；PLC端，用于利用可信密码模块的私钥将对加密工程文件进行加密的密钥进行解密，得到加密工程文件的密钥；利用解密出的密钥对加密工程文件进行解密，得到目标数字签名和目标工程文件；可信平台控制模块，用于计算解密后的工程文件的散列值；上位机端周期性地对本地的工程文件散列值与PLC通过第二统一协议通信接口上传的散列值进行对比；若相同，则确定所述目标工程文件可信。这样，可以实现对PLC运行时的工程文件的可信检测，保证工程文件的安全。