本发明公开了一种井筒清蜡除垢装置及操作方法，包括：井口装置、地面流体注入及回收系统、吊卡机构、清蜡除垢器；其中，清蜡除垢器包括旋转密封头、冲蚀机构、旋转机构A、旋转联轴器A、皮碗密封器、旋转联轴器B、旋转机构B和机械除垢器；冲蚀机构可以随着旋转机构A的旋转实现周向自由转动,而机械除垢器也可以随着旋转机构B的旋转实现周向自由转动。该装置在清蜡除垢作业过程中，机械除垢器将首先对油管内较大的积蜡和结垢进行初步清除，与此同时地面流体注入及回收系统将加热后的清蜡剂及加砂罐中的固体颗粒，通过高压软管泵入保温管，最终由冲蚀机构喷出，完成对油管表面的深度清理，实现对油管内壁的清蜡及其除垢作业。