本发明提供的一种永磁同步风力发电机绕组短路故障模拟方法及系统，包括以下步骤：步骤1，构建永磁同步电机故障状态下的PMSM仿真模型；步骤2，基于步骤1中得到的PMSM仿真模型，获取得到三相参考电流；步骤3，从步骤2中得到的三相参考电流中提取得到负序电流分量；步骤4，将得到的负序电流分量作为预设的BP神经网络的输入，得到永磁同步电机绕组短路故障诊断结果；本发明能够使永磁同步风力发电机尽量避免因内部绕组短路从而造成不好的影响，进而提高了电力系统供电的稳定性和安全性。