本发明公开了一种用于碳交易的双边叫价拍卖方法及系统，包括步骤如下：获取买家交易信息和卖家交易信息，计算买家碳排放趋势因子、买家碳能产出因子、卖家碳排放趋势因子和卖家碳能产出因子；基于卖家主导优先机制构建第一碳需求匹配序列，根据买家碳排放趋势因子和买家碳能产出因子得到买家优先中标序列；基于买家主导优先机制构建第二碳需求匹配序列，根据卖家碳排放趋势因子和卖家碳能产出因子得到卖家优先中标序列；基于拍卖商主导优先机制对买家优先中标序列和卖家优先中标序列进行整合得到交易匹配表，根据交易匹配表缔结交易合约；将交易合约进行签名、核验并进行第三方存证。方案极大程度地提高碳交易的效率、达成率和满意度。