本发明公开了一种裂缝区微环境调控的自修复水泥基材料的制备方法，步骤为：（1）将酵母菌、醋酸杆菌、糖类物质进行混合造粒，得到载体内核，加入硅酸盐水泥后在其表层包覆一层水泥，养护制得载体A；（2）将固碳芽孢杆菌进行造粒，得到另一载体内核，加入硅酸盐水泥后在其表层包覆一层水泥，养护制得载体B；（3）采用载体A、载体B代替部分砂，加入钙源，按照标准制备得到砂浆试件，养护。所述酵母菌、醋酸杆菌可以分解糖类物质为小分子有机物和醋酸，醋酸可降低裂缝区的pH值，有利于固碳微生物的萌发、生长和存活；小分子有机物可为固碳微生物生长提供营养源，进一步提升固碳微生物的生长效率，从而提升微生物矿化的自修复效果。