本发明涉及重金属污染的修复技术领域，且公开了微生物组合物、其制备方法及在修复水稻土镉污染的应用，将枯草芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、光合细菌、哈茨木霉菌、壳聚糖、巯基改性蒙脱土混合，用于修复水稻土镉污染，蒙脱土对水稻土中的镉离子具有很强的吸附作用，通过对蒙脱土进行改性，在蒙脱土表面引入羧基、酰胺键、巯基官能团，羧基能够和镉离子发生螯合作用和静电吸附作用，酰胺键上含有的氮原子带有孤对电子，能够通过络合作用实现对镉离子的吸附，巯基和镉离子形成络合物，进一步的去除水稻土中的镉污染，微生物可以修复被镉离子污染的水稻土，还能够实现对土壤中的有机污染物的降解，提高土壤的肥力。