本发明公开了一种基于地层热流体的电磁感应加热系统及方法，包括热流体加热系统，热流体加热系统分两路，一路与热流体输送金属管道的一端连接，热流体输送金属管道的另一端伸入至注热井内，注热井内的热流体输送金属管道上依次间隔设置有多个变频电源与电磁感应加热器模块，每个变频电源与电磁感应加热器模块分别连接电源及控制系统和冷却系统；另一路经油气综合分离装置与油气采集管道的一端连接，油气采集管道的另一端伸入至开采井内，注热井和开采井之间的非目标储层的上层和目标储层内设置有测量装置。本发明增强了地下地层加热系统对地下环境的适应性、安全性和对目标储层加热温度的可控性。