本发明公开了一种微焦点X射线源的控制系统及方法，包括微焦点X射线管、中控模块、修正模块、检测模块、保护模块、数字电源模块；阳极包含钨靶和金刚石；检测模块用于在微焦点X射线管开机自检时获取电参数以及焦斑信息，并发送至中控系统；中控模块用于接收电参数以及焦斑信息，并生成第一修正指令，并发送第一修正指令至修正模块；修正模块用于对微焦点X射线管的数字电源模块的电参数进行修正调节。本发明的阳极结构能够增加导热、降低老化速度、延长微焦点X射线管寿命。本发明的补偿修正方法既能保证X射线的剂量，又能够避免因焦点过小阳极局部能量过大导致阳极损坏，还能够很好地控制束斑尺寸大小，符合微焦点X射线管的高分辨率要求。