本发明公开了一种卤水体系中杀菌除污剂及其制备方法，属于工业水处理技术领域，杀菌除污剂以质量分数计包括以下组分：氧化性杀菌剂：0‑3%；非氧化性杀菌剂：15‑25%；表面活性剂：5‑10%；混凝剂：1‑5%；助凝剂：0.5‑2%；聚天冬氨酸：1‑5%；pH调节剂：0‑30%；余量为水。其制备方法是在20‑45℃下将表面活性剂、混凝剂、助凝剂、聚天冬氨酸、水按质量分数加入搅拌反应器中，再分别将氧化性杀菌剂、非氧化性杀菌剂按质量分数加入反应器搅拌1‑3h，通过醋酸或氨水调节pH在3‑6之间。本发明的杀菌除污剂用于膜装置前端，能有效杀死卤水中嗜盐菌等微生物，除掉胶体等污染，提高膜的使用寿命，采用本发明，可使卤水中微生物的杀菌率达99%以上、卤水浊度≤0.5NTU。